羅格斯大學生物醫(yī)學工程系研究生開設有6個學位項目，分別是：

生物醫(yī)學工程理學碩士：為期2-3年，共計修讀33個學分（授課學分27個）。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生理學專業(yè)背景，或學習了研究生同等水準的生理學課程。非相關專業(yè)背景者需完成特定前置課程要求，包括：多樣微積分、微積分-微分方程、細胞生物學和生理學。該項目以研究為導向，需要撰寫畢業(yè)論文。這里需注意，學生需在第一個暑期結束前盡快確定畢業(yè)論文導師。核心課程包括：生物成像方法、生物信號處理與生物醫(yī)學成像、生物控制，建模與計算、動力學，熱力學與生物醫(yī)學傳輸、生物力學系統(tǒng)。畢業(yè)生可選擇就業(yè)或繼續(xù)攻讀博士學位。系里基本不向碩士項目學生提供獎學金。該項目開設有6個專業(yè)方向：生物材料與組織工程、生物力學與康復工程、計算生物工程與生物醫(yī)學成像、分子，細胞與納米系統(tǒng)生物工程、神經工程、生理系統(tǒng)與生物儀器。

生物醫(yī)學工程碩士：為期2-3年，共計修讀33個學分（授課學分30個）。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生理學專業(yè)背景，或學習了研究生同等水準的生理學課程。非相關專業(yè)背景者需完成特定前置課程要求，包括：多樣微積分、微積分-微分方程、細胞生物學和生理學。該項目以授課內容為主，偏實踐應用，無需撰寫畢業(yè)論文，不以博士為最終學位。建議打算攻讀博士學位的申請者直接申請MS或應屆本科直接申請。核心課程包括：生物成像方法、生物信號處理與生物醫(yī)學成像、生物控制，建模與計算、動力學，熱力學與生物醫(yī)學傳輸、生物力學系統(tǒng)。系里基本不向碩士項目學生提供獎學金。

商業(yè)與科學碩士：為期2-3年，共計修讀33個學分。是一門將工程、科學和數學與商業(yè)政策相關聯的專業(yè)碩士項目。在這里可理解為MS/MBA項目。系里基本不向碩士項目學生提供獎學金。

生物醫(yī)學工程博士：為期5-7年，共計修讀72個學分。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生理學專業(yè)背景，或學習了研究生同等水準的生理學課程。非相關專業(yè)背景者需完成特定前置課程要求，包括：多樣微積分、微積分-微分方程、細胞生物學和生理學。該項目以研究內容為主，需要撰寫畢業(yè)論文。博士生一旦被錄取在第一年基本上可獲得學系或學校授予的Fellowship獎學金，一年后主要是導師授予的TA/RA等獎學金。74%的畢業(yè)生進入企業(yè)，14%從事教學崗位，7%進入政府實驗室工作，還有5%的畢業(yè)生選擇創(chuàng)業(yè)。

醫(yī)學博士與生物醫(yī)學工程博士雙學位項目。

生物技術博士培訓項目：創(chuàng)建于1989年，該項目主要是由美國健康研究所設立的。該項目旨在培養(yǎng)新的創(chuàng)意品種研究人員，將基本的科學發(fā)現應用于社會、政府和企業(yè)需求的技術開發(fā)中。要求申請者擁有生物化學、化學工程、分子生物學等生物技術相關專業(yè)背景。