耶魯大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程系研究生階段開設(shè)有以下學(xué)位項目，分別是：

生物醫(yī)學(xué)工程碩士：為期1年，共需修讀8門課程，其中包括2門實驗室輪轉(zhuǎn)課程，另外還有1門短期倫理課程。該項目要求申請者本科畢業(yè)，不限專業(yè)背景，對于非理工科專業(yè)背景的申請者，需修讀過理工科相關(guān)課程，大部分被錄取的學(xué)生擁有工程、生物學(xué)、化學(xué)、物理、數(shù)學(xué)和/或計算機(jī)科學(xué)專業(yè)背景。該項目被錄取的學(xué)生GRE平均閱讀百分比排名為74%，GRE數(shù)學(xué)為89%，本科平均GPA為3.6。該項目屬授課型項目，偏向就業(yè)，不可申請PhD項目，如申請者計劃日后攻讀PhD學(xué)位，可直接申請該系開設(shè)的PhD項目。該項目無獎學(xué)金，學(xué)生需自費攻讀，僅有少數(shù)學(xué)生作為本科生助教，可獲得助教補(bǔ)助

生物醫(yī)學(xué)工程博士：為期4-7年（視論文完成情況），要求申請者本科畢業(yè)，不限專業(yè)背景，對于非理工科專業(yè)背景的申請者，需修讀過理工科相關(guān)課程，大部分被錄取的學(xué)生擁有工程、生物學(xué)、化學(xué)、物理、數(shù)學(xué)和/或計算機(jī)科學(xué)專業(yè)背景。該項目被錄取的學(xué)生GRE閱讀百分比排名通常在53%-95%之間，平均為86%，GRE數(shù)學(xué)百分比排名通常在75%-98%，平均為92%，本科平均GPA為3.82。該項目屬研究型項目，偏向研究和學(xué)術(shù)，比如對生物醫(yī)學(xué)影像感興趣的申請者，需要擁有數(shù)學(xué)與編程經(jīng)驗。該項目向?qū)W生提供全額獎學(xué)金，涵蓋全部學(xué)生和每月$2500+生活補(bǔ)助，學(xué)生在研一以助教資格獲得助教獎學(xué)金，研一之后，選擇導(dǎo)師，開始以助研的身份獲得助研獎學(xué)金