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麻省理工學院生物工程系研究生階段開設有以下學位項目，分別是：
生物工程哲學博士：為期4-7年（視論文完成情況，平均為期5.5年），要求申請者本科畢業(yè)，GPS3.8以上，建議擁有理科、數(shù)學或工程專業(yè)背景，如航空航天工程、計算機科學、物理、數(shù)學、其他含有生物學課程的理工科專業(yè)，修讀過生物化學、細胞生物學課程，需遞交GRE考試成績，GRE閱讀156分以上，GRE數(shù)學160分以上，需參加受邀面試。該項目所有學生可獲得全額獎學金，涵蓋全部學費、醫(yī)療保險和生活補助
| 排名 | 學校 | 專業(yè)（major） |
|---|---|---|
| 1 | 約翰霍普金斯大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 1 | 麻省理工學院 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 3 | 杜克大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 3 | 喬治亞理工大學埃默里大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 5 | 斯坦福大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 5 | 加州大學伯克利分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 5 | 加州大學圣地亞哥分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 5 | 賓夕法尼亞大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 9 | 波士頓大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 10 | 哥倫比亞大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 10 | 萊斯大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 10 | 密歇根大學安娜堡分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 10 | 華盛頓大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 14 | 康奈爾大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 14 | 西北大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 14 | 明尼蘇達大學雙城分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 14 | 圣路易斯華盛頓大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 18 | 加州理工學院 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 18 | 凱斯西儲大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 18 | 匹茲堡大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 18 | 德克薩斯大學奧斯汀分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 22 | 卡內(nèi)基梅隆大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 22 | 范德堡大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 24 | 哈佛大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 24 | 加州大學戴維斯分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 24 | 弗吉尼亞大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 24 | 威斯康星大學麥迪遜分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 28 | 普渡大學西拉法葉分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 28 | 加州大學洛杉磯分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 30 | 伊利諾伊大學香檳分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 30 | 南加州大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 30 | 耶魯大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 33 | 北卡羅來納大學教堂山分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 33 | 匹茲堡州立大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 33 | 加州大學歐文分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 33 | 佛羅里達大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 33 | 馬里蘭大學帕克分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 38 | 德州農(nóng)工大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 38 | 猶他大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 40 | 克萊姆森大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 40 | 俄亥俄州立大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 40 | 倫斯勒理工學院 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 40 | 弗吉尼亞理工威克森林大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 44 | 特拉華大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 45 | 布朗大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 45 | 東北大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 45 | 羅格斯大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 45 | 塔夫茨大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 45 | 伊利諾伊大學芝加哥分校 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
| 45 | 羅切斯特大學 | 生物醫(yī)學/生物工程 |
