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耶魯大學計算機科學系研究生階段開設有以下學位項目，分別是：
計算機科學碩士：為期1年，要求申請者本科畢業(yè)，擁有強大的數(shù)學、工程或理科背景，具備計算機科學基礎技能，掌握計算機編程，需遞交GRE General和GRE計算機科學科目考試成績，如申請者本科就讀于理科，可遞交與之本科專業(yè)背景相近的GRE Subject科目成績。該項目每年招收5-15名學生，無獎學金，學生一般自費攻讀，視資源情況，學生可申請TA
計算機科學博士：為期4-6年（視論文完成情況），要求申請者本科畢業(yè)，擁有強大的數(shù)學、工程或理科背景，具備計算機科學基礎技能，掌握計算機編程，需遞交GRE General和GRE計算機科學科目考試成績，如申請者本科就讀于理科，可遞交與之本科專業(yè)背景相近的GRE Subject科目成績。該項目每年招收8名新生，學生可獲得全額獎學金，涵蓋全部學費、生活補助和醫(yī)療保險，開學后前3-4個學期主要以Teaching Fellowship為主，之后以Research Fellowship為主，注意助教對學生口語能力要求較高，通常TOEFL口語單項不得低于26分
| 排名 | 學校 | 專業(yè)（major） |
|---|---|---|
| 1 | 卡內基梅隆大學 | 計算機科學 |
| 1 | 麻省理工學院 | 計算機科學 |
| 1 | 斯坦福大學 | 計算機科學 |
| 1 | 加州大學伯克利分校 | 計算機科學 |
| 5 | 伊利諾伊大學香檳分校 | 計算機科學 |
| 6 | 康奈爾大學 | 計算機科學 |
| 6 | 華盛頓大學 | 計算機科學 |
| 8 | 佐治亞理工學院 | 計算機科學 |
| 8 | 普林斯頓大學 | 計算機科學 |
| 10 | 德克薩斯大學奧斯汀分校 | 計算機科學 |
| 11 | 加州理工學院 | 計算機科學 |
| 11 | 密歇根大學安娜堡分校 | 計算機科學 |
| 13 | 哥倫比亞大學 | 計算機科學 |
| 13 | 加州大學洛杉磯分校 | 計算機科學 |
| 13 | 威斯康星大學麥迪遜分校 | 計算機科學 |
| 16 | 哈佛大學 | 計算機科學 |
| 16 | 加州大學圣地亞哥分校 | 計算機科學 |
| 16 | 馬里蘭大學帕克分校 | 計算機科學 |
| 19 | 賓夕法尼亞大學 | 計算機科學 |
| 20 | 普渡大學西拉法葉分校 | 計算機科學 |
| 20 | 萊斯大學 | 計算機科學 |
| 20 | 馬薩諸塞大學阿默斯特分校 | 計算機科學 |
| 20 | 南加州大學 | 計算機科學 |
| 20 | 耶魯大學 | 計算機科學 |
| 25 | 布朗大學 | 計算機科學 |
| 25 | 杜克大學 | 計算機科學 |
| 25 | 約翰霍普金斯大學 | 計算機科學 |
| 25 | 北卡羅來納大學教堂山分校 | 計算機科學 |
| 29 | 明尼蘇達大學雙城分校 | 計算機科學 |
| 30 | 紐約大學 | 計算機科學 |
| 30 | 西北大學 | 計算機科學 |
| 30 | 俄亥俄州立大學 | 計算機科學 |
| 30 | 匹茲堡州立大學 | 計算機科學 |
| 30 | 加州大學歐文分校 | 計算機科學 |
| 30 | 芝加哥大學 | 計算機科學 |
| 30 | 弗吉尼亞大學 | 計算機科學 |
| 37 | 羅格斯大學 | 計算機科學 |
| 37 | 加州大學戴維斯分校 | 計算機科學 |
| 37 | 加州大學圣塔芭芭拉分校 | 計算機科學 |
| 40 | 紐約州立大學石溪分校 | 計算機科學 |
| 40 | 科羅拉多大學波德分校 | 計算機科學 |
| 40 | 弗吉尼亞理工大學 | 計算機科學 |
| 43 | 亞利桑那州立大學 | 計算機科學 |
| 43 | 達特茅斯學院 | 計算機科學 |
| 43 | 北卡羅來納州立大學羅利分校 | 計算機科學 |
| 43 | 德州農工大學 | 計算機科學 |
| 43 | 亞利桑那大學 | 計算機科學 |
| 43 | 猶他大學 | 計算機科學 |
| 49 | 波士頓大學 | 計算機科學 |
| 49 | 東北大學 | 計算機科學 |
| 49 | 佛羅里達大學 | 計算機科學 |
| 49 | 匹茲堡大學 | 計算機科學 |
| 49 | 羅切斯特大學 | 計算機科學 |
| 49 | 圣路易斯華盛頓大學 | 計算機科學 |
