華盛頓大學(xué)生物工程系共設(shè)有以下五個學(xué)位項目，分別有：

5年制本碩連讀項目：僅向華盛頓大學(xué)本科在校生提供。

應(yīng)用生物工程碩士：為期1年，共計55個學(xué)分，屬專業(yè)碩士項目。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生物工程、工程學(xué)、生物學(xué)、物理、應(yīng)用科學(xué)相關(guān)專業(yè)背景，非工程專業(yè)背景（生物學(xué)、化學(xué)、物理）亦可申請，如有相關(guān)工作或?qū)嵙?xí)經(jīng)驗則更受歡迎。該項目以授課內(nèi)容為主，無需撰寫畢業(yè)論文，提供暑期實習(xí)項目。無獎學(xué)金申請，國際學(xué)生需自費攻讀。該項目開設(shè)的核心課程包括生物工程臨床實習(xí)、設(shè)計技能一：臨床需求評估、設(shè)計技能二：設(shè)計方案、設(shè)計技能三：項目實施、高級頂點設(shè)計項目或工業(yè)實習(xí)、技術(shù)商業(yè)化基礎(chǔ)、生物醫(yī)學(xué)與創(chuàng)業(yè)管理、商業(yè)規(guī)劃與實習(xí)、生物工程研討會。專業(yè)方向有：生物醫(yī)學(xué)成像、分子生物工程與生物材料、可再生醫(yī)學(xué)與生物材料。

生物工程碩士：為期2年，共計26個學(xué)期學(xué)分。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生物工程、化學(xué)工程、化學(xué)、物理、生物學(xué)、計算機科學(xué)、電氣工程專業(yè)背景，如有相關(guān)研究或?qū)嶒炇遥駪B(tài)或計算建模）經(jīng)歷則更受歡迎。該項目以授課內(nèi)容為主，含有一定的研究內(nèi)容，需要撰寫畢業(yè)論文。畢業(yè)生可選擇就業(yè)或繼續(xù)攻讀博士學(xué)位。該項目獲得TA/RA的幾率較小，基本上給與博士的名額較多，但仍然可以爭取。

生物工程博士：為期4-5年，共計33個學(xué)期學(xué)分。要求申請者本科畢業(yè)，擁有生物工程、化學(xué)工程、化學(xué)、物理、生物學(xué)、計算機科學(xué)、電氣工程專業(yè)背景，如有相關(guān)研究或?qū)嶒炇遥駪B(tài)或計算建模）經(jīng)歷則更受歡迎，無需碩士學(xué)歷即可申請。該項目以研究內(nèi)容為主，需要撰寫畢業(yè)論文。共計36個課程學(xué)分，包括1-2個實驗室項目和1個TA項目。

制藥生物工程在線碩士：主要是為在職人員提供的，運用已有的生物技術(shù)、制藥技術(shù)與分子細(xì)胞生物學(xué)、藥品開發(fā)與設(shè)計、制藥與制藥翻譯領(lǐng)域相結(jié)合，更好的運用于實踐中。

MS與PhD項目的申請者需提前列出與之研究領(lǐng)域相關(guān)的導(dǎo)師列表，3-8個不等。此外，修讀部分前置課程也是錄取因素之一，具體有：代數(shù)、線性代數(shù)、三角；常微分方程；信號分析；概率論與統(tǒng)計學(xué)；電氣工程與物理；化學(xué)（包括有機化學(xué)、無機化學(xué)、生物化學(xué)）；材料科學(xué)；速率處理與數(shù)學(xué)；細(xì)胞生物學(xué)。