耶魯大學生物醫(yī)學工程系研究生階段開設有以下學位項目，分別是：

生物醫(yī)學工程碩士：為期1年，共需修讀8門課程，其中包括2門實驗室輪轉課程，另外還有1門短期倫理課程。該項目要求申請者本科畢業(yè)，不限專業(yè)背景，對于非理工科專業(yè)背景的申請者，需修讀過理工科相關課程，大部分被錄取的學生擁有工程、生物學、化學、物理、數(shù)學和/或計算機科學專業(yè)背景。該項目被錄取的學生GRE平均閱讀百分比排名為74%，GRE數(shù)學為89%，本科平均GPA為3.6。該項目屬授課型項目，偏向就業(yè)，不可申請PhD項目，如申請者計劃日后攻讀PhD學位，可直接申請該系開設的PhD項目。該項目無獎學金，學生需自費攻讀，僅有少數(shù)學生作為本科生助教，可獲得助教補助

生物醫(yī)學工程博士：為期4-7年（視論文完成情況），要求申請者本科畢業(yè)，不限專業(yè)背景，對于非理工科專業(yè)背景的申請者，需修讀過理工科相關課程，大部分被錄取的學生擁有工程、生物學、化學、物理、數(shù)學和/或計算機科學專業(yè)背景。該項目被錄取的學生GRE閱讀百分比排名通常在53%-95%之間，平均為86%，GRE數(shù)學百分比排名通常在75%-98%，平均為92%，本科平均GPA為3.82。該項目屬研究型項目，偏向研究和學術，比如對生物醫(yī)學影像感興趣的申請者，需要擁有數(shù)學與編程經(jīng)驗。該項目向學生提供全額獎學金，涵蓋全部學生和每月$2500+生活補助，學生在研一以助教資格獲得助教獎學金，研一之后，選擇導師，開始以助研的身份獲得助研獎學金

耶魯大學生物與生物醫(yī)學科學研究生階段僅開設有以下1個學位項目，即：

生物與生物醫(yī)學科學博士：為期4-7年（視論文完成情況），要求申請者本科畢業(yè)，不限專業(yè)背景，擁有生物學與化學背景，修讀過有機化學、一般物理與微積分課程，如申請計算生物學與生物學信息學專業(yè)，還需修讀過計算或信息學相關課程。該項目要求遞交GRE General考試成績，建議遞交GRE科目考試成績，未設定最低分數(shù)要求，僅限于部分專業(yè)，如計算生物學與生物信息學，可用MCAT代替GRE考試成績，需參加受邀面試，國際學生可電話面試。該項目所有學生可獲得全額獎學金，涵蓋全部學費、生活補助和醫(yī)療保險，2015-2016學年的生活補助標準為$33,700。此外，學生在攻讀PhD學位過程中，達到相關要求，也可獲得MS或M.Phil學位