加州大學圣地亞哥分校生物工程系研究生階段開設有以下學位項目，分別是：

生物工程碩士（M.Eng.）：為期1年。旨在為醫(yī)療和生物工程行業(yè)培養(yǎng)更多的設計與項目工程師。主要面向當今技術和專業(yè)需要提升的工程師，或對工程設計，開發(fā)，制造與管理感興趣的學生。不需要撰寫畢業(yè)論文。有興趣繼續(xù)攻讀博士學位的學生可以考慮申請現在的理學碩士項目而不是工程碩士項目。

生物工程碩士（MS）：旨在擴大和拓寬學生的本科背景，使畢業(yè)生具備生物工程的基礎知識。學生可以繼續(xù)攻讀博士學位。項目將課程與創(chuàng)新研究相結合。為了達到學位要求，學生必須至少保持成績?yōu)锽的平均水平。不滿足上這些核心課程條件的學生可能需要先上一些基本課程來彌補不足。

醫(yī)療設備工程碩士 （Master of Advanced Study in Medical Device Engineering）：面向專業(yè)工程師，為其提供跨學科技術教育。項目內容包含：臨床需求評估的專業(yè)課程；醫(yī)療設備設計；力學與運輸，解剖與生理學，生物材料等技術教育；生命科學技術，嵌入式控制，計算機輔助設計方面的指導；產品發(fā)型、監(jiān)管、支付，標準與合規(guī)性在內的業(yè)務問題的介紹。

生物工程博士 （PhD）：為期5年。申請人需完成一年的核心課程，從而通過部門的博士學位考試。在第二年可以選擇選修課程，以補充研究興趣。之后，申請人將確定論文研究的主題，通過參議院資格考試，并在論文導師的指導下進行研究，最終進行論文答辯。畢業(yè)生通常從事學術科研和教學工作，或者其他與醫(yī)療器械等其他生物工程相關的職業(yè)。

1、Biodynamics

2、Biomaterials and Stem Cell Engineering

3、Biophotonics

4、Cardiac Mechanics

5、Cartilage Tissue Engineering

6、Computational Genomics and Stem Cell Biology

7、Functional Cardiovascular Engineering

8、Genomics and Systems Biotechnology

9、Integrative Genomics

10、Metabolic Systems Biology

11、Microcirculation

12、Molecular Bioengineering

13、Neural Engineering

14、 Vascular Molecular Bioengineering

15、Integrative Network Biology

1、生物動力學

2、生物材料與干細胞工程

3、生物光子學

4、心臟力學

5、軟骨組織工程

6、計算基因組學與干細胞生物學

7、功能性心血管工程

8、基因組學與系統(tǒng)生物技術

9、綜合基因組學

10、代謝系統(tǒng)生物學

11、微循環(huán)

12、分子生物工程

13、神經工程

14、 血管分子生物工程

15、綜合網絡生物學